莫斯科市名来源于莫斯科河，关于莫斯科河的语源，说法有三：低湿地（斯拉夫语）、牛渡口（芬兰－乌戈尔语）、密林（卡巴尔达语）。莫斯科市作为居民点最早见诸史册是在公元１１４７年。１１５６年，莫斯科奠基者尤里·多尔哥鲁基大公在莫斯科修筑泥木结构的克里姆林城堡。“克里姆林”一词，一说源出希腊语，意为“城堡”或“峭壁”；一说源出早期俄语词“克里姆”，指一种可作建材的针叶树。后来在克里姆林城堡及其周围逐渐形成若干商业、手工业和农业村落。１３世纪初成为莫斯科公国的都城。１４世纪俄国人以莫斯科为中心，集合周围力量进行反对蒙古贵族统治的斗争，从而统一了俄国，建立了一个中央集权的封建国家。

    １５世纪中期莫斯科已成为统一的俄罗斯国家的都城，一直到１８世纪初。１７１２年彼得大帝迁都圣彼得堡，但莫斯科仍是俄罗斯最大的经济、政治和文化中心，仍发挥着俄国第二都城的作用。１７５５年建立俄国第一所大学──莫斯科大学（今莫斯科国立罗蒙诺索夫大学）。１８１２年拿破仑率领的法军占领莫斯科后，这个城市在大火中焚毁，但很快又重新建设起来。１８１３年成立莫斯科城市建设委员会，开始大规模城市改建。１８５１年通铁路。

    １９１７年十月社会主义革命期间，莫斯科紧随彼得格勒之后，也举行了武装起义，建立了苏维埃政权。苏维埃政府和共产党中央委员会于１９１８年３月从彼得格勒（后改名圣彼得堡）迁到莫斯科，１９２２年１２月莫斯科正式成为苏联首都，也是世界上第一个社会主义国家即苏维埃社会主义共和国联盟的首都。

    １９６０年，政府附近一些城镇纳入城市范围，组成大莫斯科区。１９８７年，莫斯科市政当局将每年９月的第一个双休日定为城庆日，举行各类城庆活动。１９９１年１２月２１日苏联解体，莫斯科成为俄罗斯联邦的首都。